Hola Jorge R.

Si el objeto está fuera de la zona del encabezado y no lo logras seleccionar, trata de modificar temporalmente el tamaño del encabezado o cambiarte de resolución, de todas maneras una captura nos ayuda a dar mejor soporte, adjunta capturas de ese problema.

Eso que mencionas: que no se puede arrastrar fuera de la zona de encabezado o pie de página es correcto, el diseño que Incomedia le da al encabezado y pie de página en WebSite X5 se limita al área activa de diseño que se define en la estructura de la plantilla:

Eso no quiere decir que no se pueda usar, porque recien adjunte mi opinión en una idea (Da click para que revises y apoyes la idea) donde veo práctico usar esa flexibilidad de tener objetos sobrepuestos, que da tanto el encabezado como el pie de página y acostumbo a usarlo, por ejemplo:

Como aprecias el Logo del Girasol está invadiendo el primer objeto de la rejilla de maquetación...

Eso si, con una sola restricción:

Solo se puede usar la parte de abajo del encabezado o la parte de arriba del pie, ninguna otra zona es recomendada, porque se puede crear una zona fuera de diseño que no es agradable.

Yo uso también el mismo proceso en el Sticky Bar

Y uso el siguiente truco cuando deseo mover el objeto "Fuera" del encabezado o pie de página: 

Uso un PNG con la zona de contacto (con el encabezado o pie de página) con una transparencia que me permite mover fuera de la zona como deseas. Por ejemplo:

Así que la respuesta sería: No es un error grave ni siquiera es un error. Se puede aprovechar como comenté, por ejemplo, en mi diseño uso esa zona de transparencia para ubicar el Objeto Google Translate aprovechando que ese objeto puede estar sobrepuesto sin problemas.

Como puedes ver, es una ventaja a favor si lo sabes aplicar, si deseas adjunta una captura para comprender mejor.

Revisa, prueba y comenta cualquier duda, avisanos como te va.
Saludos
Jorge M.

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