Una possibile ragione potrebbe essere:
Nel pulsante "Impostazioni" è necessario attivare il pagamento con carta e se si darà la possibilità di pagare a rate. vedi cattura.

Oltre a questo è necessario disporre di pagine “errore pagamento” per informare il cliente di ogni possibile mancato pagamento. E lo stesso nella pagina "conferma di pagamento".

Ho attivato l'opzione "Spedisci automaticamente l'ordine dopo aver ricevuto il pagamento".

Sempre nell'opzione "Spedizione Ordine", verifica che l'opzione sia configurata correttamente:
Invia email di conferma dell'ordine DOPO il pagamento
e che il testo del messaggio sia: Email di conferma ordine per il cliente con pagamento avvenuto.

Credo, dallo screenshot che mostri, che il cliente riceva un promemoria per effettuare il pagamento.

Saluti.

Ciao, nella sezione indicata da Miguel, relativa alla mail che arriva al cliente, è preferibile inserire il testo che ti inserisco in corsivo sotto poichè può sempre capitare che ti arrivi la notifica di un ordine da parte di un cliente che però, per qualche motivo (es. errore nel pagamento), può non aver effettuato il pagamento:

"Gentile Cliente,

ringraziandoLa per l'ordine effettuato Le inviamo qui sotto il relativo riepilogo.

Di seguito può trovare l'elenco dei prodotti ordinati, i dati di fatturazione e le istruzioni per la spedizione ed il pagamento scelti.

Qualora non avesse provveduto al pagamento dell'ordine potrà farlo in qualsiasi momento seguendo le istruzioni riportate in basso nella presente mail ed utilizzando l’apposito pulsante. In caso contrario non tenga conto di tali istruzioni.

L'ordine è in fase di elaborazione, appena riceveremo notifica dell'avvenuto pagamento provvederemo ad evadere l'ordine.

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Rimaniamo a Sua disposizione per ulteriori informazioni.

Cordiali Saluti"

La parte in grassetto è relativa al pagamento dell'ordine e specifica che, in caso tale pagamento non è stato effettuato, l'utente può tener conto delle istruzioni e del pulsante riportati in basso nella mail. In caso abbia già effettuato il pagamento, non deve tenere conto di tali istruzioni. 

Buongiorno Serena,
per quanto riguarda i campi mancanti relativi a PayPal, confermerei il suggerimento di utilizzare server Linux e non Windows.
La modifica dovrebbe impiegare qualche tempo ad essere applicata, dopodiché se vedessi che si presenta la stessa situazione (verifica anche di avere attivato i metodi di pagamenti desiderati dal pulsante Impostazioni, che rimanda alla schermata inviata da Miguel), ti chiederei cortesemente di fornirmi l'URL del sito così che mi sia possibile verificare se sono visibili altri errori in fase di checkout.
Grazie.

Eric