Через FTP доступ вам необходимо заливать сайт в корневую папку вашего сайта (обычно это папка public_html или при ее отсутствии это папка с именем вашего сайта).

По поводу прав для папок то здесь однозначного ответа нет все зависит от ваших нужд и я бы нерекомендовал вам что либо менять если вы не знаете как и что правильно делать.

"Рекомендую пробовать установить права доступа на папки «755» или «775», лучше «755». На файлы рекомендую «644». На файлы, которые находятся непосредственно в корневой папке сайта, можно установить разрешение «444»."

источник http://aleksius.com/sozdanie-sajtov/incomedia-website-x5/uroki-po-website-x5#!