Puoi fare in entambi i modi, ma a lungo termine entrambi ti porteranno all'esito del  secondo.

Mi spiego meglio: per iniziare un nuovo progetto io di solito apro una nuova cartella nella quale inserisco tutti i files che intendo usare nel progetto (immagini, pdf, swf, ecc. ripartiti a mio comodo in più sottocartelle).

Quando inserisci questi files nel progetto, in corso d'opera, essi saranno associati alle pagine in base ad un percorso specifico di acquisizione dal tuo computer. Questo percorso sarà memorizzato nel progetto stesso, una volta salvato.

Ciò porterà il programma, ogni volta che lo aprirai a ricercare i files che gli occorrono per comporre la pagina in questione nel percorso prestabilito.

Se tu spostassi uno di quei files in un'altro percorso e poi aprissi il progetto lui ti segnalerebbe un errore perchè non trova il file richiesto.

Come ovviare?

Una volta terminato lo sviluppo del progetto lo esporti come tale (opzione terza di esportazione al passo quinto di creazione del progetto) dove vuoi. Poi chiudi e riapri il programma (oppure torni direttamente alla scermata iniziale di scelta del progetto); cancelli il progetto e lo reimporti nel programma dal file di progetto precedentemente salvato.

Infatti quando tu avevi salvato il progetto come tale, il programma aveva costruito una nuova serie di cartelle contenenti tutte le risorse necessarie alla costruzione delle singole pagine, e facendo questo aveva associato un nuovo percorso ad ogni singolo file contenuto nelle cartelle del progetto.