Certo che nella url non compare il livello prodotti, perchè quello del menù è un livello che serve per organizzarlo, ma le pagine del sito risiedono tutte nella root.

Nel tuo esempio  www.provasito.it/prodotti/cornetti presupporrebbe l'esistenza di una pagina cornetti all'interno della directori prodotti, ma come ti ho detto tutte le pagine risiedono nella root e avranno sempre l'indirizzo senza cartelle intermedie... a meno che crei tu la pagina e la collochi nella cartella prodotti (che tu crei) e la colleghi al menù manualmente ... ma a questo punto ti conviene fare a mano tutto.

Ciao

Cioè dovrei creare delle cartelle all' interno della root principale del sito? E li mettere manualmente le pagine? 

Io non lo farei, ma per ottenere una Url come dici tu è l'unico modo.

Altrimenti dovrei fare un redirect dai vecchi link indicizzati a quelli nuovi ?? E in questo caso come si fa?