normalmente le pagine vengono riscritte però per evitare eventuali problemi, direi almeno di cancellare le pagine html/php e riesportare tutto il sito

io quando sostituisco un sito nuovo ad uno vecchio, se i nomi di pagina sono rimasti invariati , non cancello il vecchio ...ma è solo questione di abitudine, ma se vuoi fare un po' di ordine conviene cancellare...

Tieni conto che se i nomi di pagina e le risorse sono variati e sei indicizzato su Google è importante per non perdere posizionamento reindirizzare le pagine del vecchio al nuovo sito...

Quando faccio aggiornamenti importanti, io cancello tutto, anche per ridimensionare la presenza delle immagini doppione che genera il programma.