Trovo la domanda poco chiara. Puoi spiegare meglio che titolo?

Buongiorno Vincenzo,

se vuoi modificare il codice generato dal programma puoi esportare il sito su disco scegliendo l'opzione apposita al passo 5 e poi modificare i file generati dal programma.

Ti sconsiglio però di modificare i file php o js perchè potresti compromettere il funzionamento del sito.