Я тоже бился над этой проблемой, пока не догадался кодировать .gif  в .swf. Это делается просто программой Sothink_SWF_Easy_6.4.  Вставляешь в рабочую зону .gif, как обычное изображение и сохраняешь, как флешку... Можно даже что то ещё добавить к анимации сверху.... А флешка вставляется в сайт без проблем. Удачи!