Dopo alcune modifiche, ho deciso di esportare tutto il sito dopo avere cancellato i file in remoto con filezilla. Purtroppo non vengono caricati tutti i file (compreso index) e quindi il sito non funziona. Ho provato ad esportare con filezilla, ma ad un certo punto si blocca.

Esportando su disco i file ci sono tutti.

Grazie per i suggerimenti