Internet è nata su piattaforma unix e linux è della miriade di varianti di unix ed oramai rappresenta lo standard. Poi venne m$ (windows) che cercò di imporre (con non troppo scarso successo) i suoi standard che sono in parte diversi da quelli di linux.

Da questa premessa si capisce che se vuoi una piattaforma standard devi scegliere linux che ha l'unico handicap di non supportare la piattaforma ASP con i database di access ... figuriamoci quale danno . 

Tu dal punto di vista del uebmaster non ti accorgi nemmeno della differenza salvo che per una serie di funzioni che su linux si possono usare e su win no, ad esempio la gestione dei permessi a cartelle e files oppure i redirect mediante il file .htaccess ma anche altri piccoli problemi di compatibilità meno conosciuti per il php.

Tutto il resto, pannello di controllo, database, ftp etc etc, rimane abbastanza invariato.