Sì! Creando due ecommerce paralleli ma in radici differenti es. nomesito.com e nomesito.com/shop/

Duplichi il progetto del tuo sito, differenziando i progetti per evitare di fare confusione. 

Il primo lo esporti nella radice principale oppure in una sottocartella (es. /shop1) e il secondo per in un'altra (es. /shop2).

In alternativa potresti inserire delle coordinate bancarie diverse aggiungendo un'ulteriore voce tra le modalità di pagamento.

Fammi vedere se ho capito.... ma dovrei duplicare tutto il sito o solo la pagina con lo shop? poi in pratica dovrei linkare da dentro il primo sito, lo shop del secondo per andarlo a ritrovare?

Devi duplicare il progetto, nello specifico la parte relativa l'ecommerce e modificare eventuali link (es. Vendite e rimborsi, Note legali etc.) verso la radice per evitare duplicati o usare un Rel Canonical.

Riepilogando, avrai 2 progetti paralleli. Il primo relativo alla radice (es. nomesito.com) e il secondo in una cartella di tuo piacimento (es. nomedominio.com/shop/).

Potresti altresì strutturare il tutto in un dominio di terzo livello (es. shop.nomesito.com) per rendere il tutto più "pulito".

Ovviamente devi concedere all'utente di accedere a questo ecommerce secondario, quindi creare un pannello o delle voci nel menu.

Il tutto dipende dalle tue necessità e scopo di tale shop secondario. Ad esempio, se desideri differenziare l'utenza privata da quella business puoi creare una pagina utente in cui è presente il collegamento a questo shop secondario.

Se il problema è dato dalle coordinate bancarie da differenziare, potresti inserire ambedue le voci e specificare all'utente dove pagare direttamente nelle note (es. Privato IBAN 1234 - Business IBAN 09876) o inviare manualmente l'email con le coordinate bancarie diverse.

Ciao, il metodo segnalato da Gabriele è corretto, se vuoi puoi fare anche in un altro modo leggermente diverso e cioè, mantieni il sito originale con il carrello che hai realizzato fin d'ora, in un'altra cartella metterai solo un mini-sito solo con il carrello modificato.

Ad es. nel ns. sito abbiamo dovuto fare 5/6 carrelli (che corripondono a 5/6 progetti) perchè avevamo il problema di articoli, prezzi, valute, spedizioni tutte diverse per ogni paese...

se vuoi vedere tu stesso qui: selezione lingue-carrello

... dimenticavo per capire meglio scegli UK così vedrai le differenze tra UK sterlina, Irlanda sterlina, Irlanda Euro.

È equivalente a quanto già detto:

"Devi duplicare il progetto, nello specifico la parte relativa l'ecommerce e modificare eventuali link (es. Vendite e rimborsi, Note legali etc.) verso la radice per evitare duplicati o usare un Rel Canonical."

Per strutture multilingua è consigliabile usare l'attributo rel="hreflang" come ad esempio:

<link rel="alternate" href="https://www.nomesito.com/uk/shop/" hreflang="en-GB">