Hello Christian,
I am sorry about the issue.
There likely was a misalignment of some kind with the database.
I would recommend resetting the quantities and applying them again, and monitoring the situation afterwards.
First of all, take note of all the stock that should be available for your products, then in the project decrease their available quantity so that it reaches 0.
Use CTRL + Preview to regenerate the project files and export the project now, so that products are temporarily not available, then restore their intended quantities, and export once more after CTRL + Preview, so that all products should not show the same quantity both in the project and online.
Monitor the situation and check if you still see any misalignments.
I remain available.

Online translation:

Hallo Christian,
es tut mir leid, dass dieses Problem aufgetreten ist.
Vermutlich ist es zu einer Art Abweichung bei der Datenbank gekommen.
Ich würde empfehlen, die Mengen zurückzusetzen und anschließend erneut festzulegen und die Situation danach zu beobachten.
Notieren Sie zunächst alle Lagerbestände, die für Ihre Produkte verfügbar sein sollten. Verringern Sie anschließend im Projekt die verfügbaren Mengen, bis sie 0 erreichen.
Verwenden Sie CTRL + Vorschau, um die Projektdateien neu zu generieren, und exportieren Sie das Projekt anschließend, sodass die Produkte vorübergehend nicht verfügbar sind. Stellen Sie danach die vorgesehenen Mengen wieder her und exportieren Sie das Projekt nach einer erneuten Verwendung von CTRL + Vorschau noch einmal. Auf diese Weise sollten für alle Produkte sowohl im Projekt als auch online die gleichen Mengen angezeigt werden.
Beobachten Sie die Situation anschließend und prüfen Sie, ob weiterhin Abweichungen auftreten.
Ich stehe Ihnen weiterhin gerne zur Verfügung.