Hola Iñaki,
al comprobar tus licencias, puedo ver que la que caducó en junio tiene una fecha de uso más reciente, por lo que es posible que tu instalación del programa siga asociada a esa licencia en lugar de a la licencia adquirida en julio.
Ve a C:\Usuarios\NombreDeUsuario\AppData\Local\Incomedia\WebSite X5 - Pro en tu ordenador y elimina el archivo llamado licence.iwl que encontrarás allí.
Una vez que vuelvas a iniciar WebSite X5, se te pedirá que lo actives. Asegúrate de utilizar aquí la clave de licencia más reciente.
Quedo a tu disposición.