Nach dem Update von Evolution 9 zu 10 werden alle Dateien neu hochgeladen, da sämtliche Php-Seiten und Ordner nach dem Aktualisieren eines Projektes neu erzeugt wurden. Das ist absolut notwendig. Wenn dann die Seite hochgeladen ist, läuft es normal weiter, d.h. es werden nur noch die geänderten Dateien hochgeladen.

Das Problem hatten wir schon mal.
Dort lag es am Virenscanner, der jede Datei seelenruhig erst einmal geprüft hatte.

2. Grund könnte sein:
Sobald Du eine Änderung an der Sitemap, am Style der Homepage oder Einträge im Head änderst, wird die Seite meist 2x komplatt hochgeladen.

Stunden... ist natürlich nicht normal. Versuchs mal ohne Firewall und Virenscanner, on Änderung.

Ich habe jetzt das gleiche Problem festgestellt. Nur bei Änderung eines Links zu einer PDF-Datei wurden alles neu hochgeladen. Trotz Einstellung nur Änderungen seit dem letzten Upload.
Dann habe ich festgestellt, das unter dem Verzeichnis "files" ein neues Verzeichnis "files" angelegt wurde und dorthin nochmals die gesamten Daten der Webseite exportiert wurde.

Es ist auf dem Webserver jetzt praktisch alles doppelt vorhanden und ich möchte wissen, wie es zu diesem Durcheinander kommen kann. Ist das ein Bedienungsfehler oder ein Softwareproblem von Incomedia?

Ich denke ein Bedienungsfehler.
Ev. hast Du in der Ordnerstruktur in das Verzeichnis files rein gesehen und vergessen wieder auf eine Ebene höher zu gehen.
Daher wurden auch alle Seite in das Verzeichnis files neu geladen.

Lösche komplett das Verzeichnis files in der Root (falls nicht manuell Dateien hinterlegt wurden) und lade alles neu hoch.

Aufpassen, dass Du in der Hauptebe bist.
Nun werden wieder alle Dateien geladen, das ist aber durch das o.g. bedingt.