Где то здесь рекомендовали кликнуть по Предпросмотру при зажатом Ctrl. После сохраниться и выгрузить сайт полностью.

Но лично я заметил, что прграмма не помнить удаленные файлы из проекта и просто их игнорирует, т.е. оставляет их загруженными на сервере и удалять их нужно в ручную. Это можно сделать после подключения к серверу (Далее), но до выгрузки (Пуск).