Creo que el problema está en el procedimiento para insertar la animación en el proyecto de Website X5.

Te muestro como lo hago.

• Una vez que tienes toda tu animación funcionando, vas al menú Exportar y seleccionas la opción Exportar para Website X5.
• El paso anterior te crea un archivo con extensión WAX5 y el nombre que hayas seleccionado.
• Abres entonces el Website X5 y buscas la página donde quieres insertar la animación.
• En la rejilla de maquetación ubicas un objeto Animación. En las propiedades de este objeto te permite seleccionar si es una animación de WebAnimator Plus o una animación flash.
• Al seleccionar el tipo de animación como WebAnimator Plus buscas el archivo local en tu pc y lo seleccionas.
• Aceptar y vista previa.

Me pasó algo parecido y alguien del foro me respondió este resumen que te estoy pasando.

Espero haber sido útil.

Si se mantiene el problema, no dudes en contactarme.