Hola Raul, si el sitio no es muy complejo, es decir, no manejas bases de datos, tienda, usuarios, etc. Puedes volver a subir el sitio, si tu sitio es complejo habla con el proveedor a ver si te pueden dar una mano, muchos hosting tienen servicio de respaldo y es solo usar el backup.

Aquí tienes otras recomendaciones:

http://donwebayuda.com/mi-sitio-web-esta-infectado-con-un-virus-como-lo-soluciono/

Revisa, prueba y comenta.
Saludos
Jorge M.

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