Hola José Luis,
Hemos investigado la situación de otros usuarios que informaron de algo similar y la causa resultó ser el servicio de seguridad Imunify.
Es posible que tú también tengas Imunify o una solución de seguridad similar en tu espacio de alojamiento.
Lo que ocurre es que este servicio afecta a un archivo llamado x5engine.php, sustituyendo parte de su código por el aviso:

/**
* Note: This file may contain artifacts of previous malicious infection.
* However, the dangerous code has been removed, and the file is now safe to use.
*/

lo que provoca que deje de funcionar correctamente.
Te recomiendo que informes de esta situación al soporte de tu proveedor de hosting para que puedan confirmar si este es también el caso en tu instalación.
Si es así, pídeles que añadan x5engine.php a la lista de exclusiones (ignore list) de Imunify y que además envíen un informe a Imunify para indicar que x5engine.php no es un archivo malicioso.
De este modo, una vez resuelto el problema, el archivo volverá a generarse correctamente cuando publiques de nuevo el sitio web.