Penso che dovresti chiedere al tuo commercialista...qui puoi chiedere come fare dei siti...

Non c'entra il commercialista. L'ecommerce di Website non prevede la possibilità di scorporare l'IVA per i clienti CEE per cui dovresti prevedere di duplicare il sito in almeno una lingua (ad esempio EN) e in quella prevedere l'ecommerce con i prezzi IVA esclusa, ma subentrerebbero altri tipi di problemi riguardo ai totali. Mi sembra che fosse già stata richiesta questa modifica all'ecommerce ma non riesco a trovare nessuna traccia... 

l'argomento è già stato comunque trattato .. http://answers.websitex5.com/search/iva+cee

Puoi farti pagare l'iva dal cliente estero europeo, poi fai il controllo sull'agnezia delle entrate per vedere se il soggetto in question può essere in esenzione ( deve essere iscritto al vies) e gli restituisci l'iva con l'invio della merce