Hola John C.

Si solo falla uno, hay muchos factores que pueden causar esto, lo que interesa es solucionar, prueba restaurar el proyecto de un backup, como detallo a continuación.

Los respaldos tienen terminación iwprj2 contiene solo la configuración del proyecto no contiene ningún archivo multimedia ni de texto y se guardan en: \Documents\Incomedia\WebSite X5 - Professional\nombre de proyecto\Backup sirven para reemplazar el proyecto en la carpeta principal: \Documents\Incomedia\WebSite X5 - Professional\nombre de proyecto

El archivo iwzip es una copia completa del proyecto que contiene todos los archivos del proyecto, sean videos, imagenes y el archivo del proyecto iwprj2.

Cuando usar cada uno depende por ejemplo si quieres regresar a una versión anterior es más fácil usar el iwprj2 y por ejemplo si quieres abrir un proyecto que ya no tienes en el disco (o lo estás revisando en *otro computador) ahí si necesitas el iwzip. 

Mira el backup de un proyecto de pruebas (mio):

Cualquiera de los proyectos .iwprj2 (dentro de la carpeta backup) puede reemplazar al original que está en la carpeta principal:

Importante, siempre necesitas un respaldo de proyecto eso está en el paso 5, adicional recomiendo una nube como MEGA que es gratis y da 20GB en la actualidad, suficiente para mantener la carpeta de Documentos\incomedia siempre segura.

Por suerte es solo un proyecto, ten en cuenta las recomendaciones y exporta los proyectos, estos contienen la información del diseño, de romperse y no tener respaldos de proyecto o los backup de iwzip tendrías que rediseñar.

Recuerda Nube (permite historial) y acostumbrate a exportar un proyecto cada vez que hagas un upload o una gran modificación.

Saludos

Jorge M.