Anche io ho avuto il tuo stesso problema, in pratica non aggiorna x5cart.js.

Per risolvere devi fare così : apri la cartella dove si trova il progetto, generalmente in documenti\incomedia\web site.....\<nome progetto>\Preview\cart ed elimina il file x5cart.js

Avvia x5 e non preoccuparti se ci mette un pò di tempo per aprirsi, sta ricreando il file, dopo esporta solo il file x5cart.js sul sito e vedrai che tutto funzionerà.

Inoltre visitando il sito, hai i margini sballati, (di solito sono messi a 3 e 3) cambiali in 7 oppure 8 ...

Ciao e grazie per la risposta, quali margini intendi?

Ho provato ad eliminare il file come detto, ma poi si riscontra lo stesso problema, in anteprima  funziona tutto correttamente. 

Prova con una nuova esportazione del sito sul server.

Ho provato ma non ho ottenuto nessun risultato.  sinceramente inizio a dubitare delle potenzialità del software. Mi scoccia parecchio si verifichino questi tipi di problemi un conto è che sparisca qualche immagine ( ci si può passare sopra ) ma che scompaiano intere sezioni del sito non credo sia accettabile. 

Confido nel fatto di venir contattato da "qualcuno" e che sappia darmi qualche suggerimento.

non mi va di buttar via il lavoro fatto (quasi 500 pagine) !

Dopo una decina di upload il carrello ha ripreso a funzionare, spero si risolvano con prossimi upgrade problemi di questo genere

roberto vedi che lo stesso problema l'ho avuto io e l'ho risolto come ti ho detto. Ma l'upload lo fai con x5 o tramite un software esterno ?

Con x5 

Ok verifica che il tipo di caricamento sia impostato su ESPORTA TUTTI I FILE DEL SITO INTERNET. Inoltre quando fai un aggiornamento, per verificare che tutto sia andato a buon fine elimina la cache di explorer, firefox o altro browser che sia... spesso capita che il browser ti carica quello che ha nella cache.

Probabilmente si genera qualche errore, non era un problema di cache perché avevo provato da diverse macchine, mi son accorto del problema solamente perché son stato contattato da un cliente che mi ha avvisato del problema ( fortunatamente il "disservizio" è durato solamente un giorno ) tutti noi sappiamo quanto sia difficile acquistare la fiducia delle persone e quanto sia facile perderla!