Hola Josue, antes de proceder con la explicación permiteme mostrarte este link:

http://mediaqueri.es/

Es un sitio que muestra diferentes páginas web de diseños web adaptativos, en los ejemplos corresponden a una única web pero adaptada en las cuatro tamaños diferentes.

Por eso: Incomedia ha priorizado el contenido del sitio sobre el encabezado y el pie de página, la mayoría de los diseños actuales tienden a esa forma de presentar.

Ahora son 2 plantillas por proyecto, la que mencionas solo sirve para la versión de escritorio, todas las demás usan otra plantilla llamada Plantilla Responsive (Paso 2, Estructura de la Plantilla Principal y Paso 2, Estructura de la Plantilla Responsive) te recomiendo leer este post: https://helpcenter.websitex5.com/post/128870

Quieres saber más de diseño adaptativo:

http://www.artrivity.com/el-diseno-web-responsive/

Revisa, prueba y comenta.
Saludos
Jorge M.

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OK gracias pero aun no soluciono mi problema.

El encabezado y el footer como tal y como venia siendo en website x5 sigue existiendo solo para equipos de escritorio, para equipos moviles ahora hay una plantilla nueva y es la que hay que trabajar siguiendo los pasos que te comento Jorge.

Cambio la metodologia del encabezado para optimizar el espacio que ocupa en un dispositivo movil siguiendo la estructura de diseño actual.