Hola Carlos Alonso, te explico por partes:

• En la V13 no existe el encabezado y pie de página como lo hacías en la V12, por ejemplo, ahora es una sección con todos los objetos disponibles (en la rejilla de maquetación).
• Al no existir un editor integrado para gráficos el encabezado anterior se exporta como imagen y se secciona para que en el tamaño escritorio se vea bien. En los demás tamaños de RWD debes de hacer cambios.
• En la V12, el encabezado, solo lo controlabas en el tamaño de escritorio, en los demás tamaños solo podías adaptar una pequeña  parte, ahora en la V13 cada resolución que armes puedes manejar el encabezado y pie de página. Paso 2, personalización, contenidos del encabezado y pie de página.
  

También puedes usar la/s primera/s fila/s de tu rejilla de maquetación como encabezado si suprimes en la plantilla el encabezado general (0 px)

Para mí, las ventajas que hay superan las falencias, solo necesitas adecuar antes las imágenes que tienes para tus proyectos, es un poco molestoso el cambio, pero es un buen cambio.

Referencias:

• http://help.websitex5.com/es/v13/pro/index.html?modello_modifica.htm
• https://helpcenter.websitex5.com/post/154023
• https://helpcenter.websitex5.com/post/156634

Revisa, prueba y comenta cualquier duda.
Saludos
Jorge M.

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