Hola Alejandro R.

Increíble 3000 páginas PDF, creo que eso es mucho... Así como el tamaño de este post (que incluyen otras lecturas recomendadas)

Importante: Adjunta el link del web y una captura de como tienes esbozadas las páginas que objeto usas... Una captura de cualquier página del paso 4, asumo que las tienes hechas de manera similar...

La opción que mencionas es:

Lo que quiere decir que dividas el proyecto, por ejemplo tu dominio sea: midominio.com debes de crear un proyecto que tenga varios proyectos. Usando un link de Nivel en lugar de un link de página; es decir, crea varios proyectos con WebSite X5 para que el peso total de cada proyecto sea menor. No se si por categoría podrás reducir el peso pero una Web Pesada es mal calificada por Google.

Digamos que 10 proyectos de 300 páginas y un proyecto principal que los agrupe (con link de nivel)

o algo así...

Mi opinión:

Yo al tener tantas páginas (increible que maneje eso WebSite) haría lo siguiente:

Subiría los PDF a alguna carpeta de mi dominio (para liberar la carga de memoria del programa)

Incrustaría los PDF en un Objeto HTML con un iframe, de un servidor en lugar de un objeto pdf que deba de cargarlo del disco local y es lo que pienso hará muy pesado al proyecto.

Este sería el código del iframe:

<iframe src="http://docs.google.com/gview?url=http://midominio.com/pdf/3000.pdf&embedded=true" style="width:500px; height:375px;" frameborder="0"></iframe>

Solo eso iría dentro del Objeto HTML, donde http://midominio.com/pdf/3000.pdf es la ruta del archivo que debes de tener guardado en algún sitio, yo lo puse dentro de una carpeta "pdf" como ejemplo.

Para mi concepto eso sería menos carga para WebSite X5, ahora te doy unos consejos que te sirven sobre todo en proyectos grandes:

4 Reglas inmutables, en WebSite X5, para que tu proyecto sea eficiente:

1. Para no tener errores el el proyecto: Minimiza las celdas. 
2. La altura de las Filas las rige el objeto más alto permitido (Hay objetos que predefines el alto).
3. El ancho de las columnas si lo controla el usuario, no tengas columnas que no deberías de tener.
4. No tengas celdas vacias, en su defecto rellena con un objeto vacio como un objeto HTML

Te paso un ejemplo típico de diseño que he visto en el HelpCenter:

La siguiente imagen muestra un diseño donde se usan las celdas como espacio cuando lo correcto es configurar el estilo de celda.

Minimizando:

Observa que se reducen la cantidad de celdas, incluso se minimiza las columnas porque tienen guias,

Referencia que te recomiendo leer:

https://helpcenter.websitex5.com/en/post/175610

https://helpcenter.websitex5.com/en/post/174184

Revisa, prueba y comenta cualquier duda.
Saludos
Jorge M.

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