Hola Antonio Z.

Veo que eres usuario con mucho más tiempo que yo (inicié en la V10) por lo que debes tener experiencia con el mismo.

Te informo que ningún programa desaparece documentos, por eso están en una carpeta que precisamente se llama Documents

Para mi son 2 posibilidades:

1. Revisa la carpeta Incomedia que está dentro de tu carpeta Documentos, en ella debes tener una carpeta por cada una de las versiones de WebSite X5 que tienes o has tenido antes de formatear el equipo, por ejemplo la mia se ve así:
   
   En esa carpeta revisa dentro si están los proyectos
   
   
2. Es un error de Windows, que sucede cuando hay un error en la tabla de asignación del almacenamiento,  cuando un usuario se p¡erde, por lo cual revisa dentro de la carpeta "C:\Users" puede haberse generado una carpeta temporal, con el mismo nombre de usuario

Revisa tu disco, prueba y comenta que ves en los archivos danos capturas, estaré pendiente de tus observaciones

Saludos 

Jorge M.