Grazie all'intervento del mediatore Riccardo P. ho risolto gran parte dei problemi (perdita progetti con agg 10.6.1.49), quindi (se può essere utile per altri) vado riassumendo:

- Ho reimpostato le preferenze sulla cartella dove risiedono i progetti (non la cartella dei progetti, ma quella principale che contiene le cartelle dei vari progetti) altrimenti website non vede i progetti all'apertura.

- Per recuperare i template ho preso i vari .iwzip (anche se vecchi) li ho importati, ho recuperato i modelli (che ho puntualmente esportato in iwtpl per averne una copia) quindi ho cancellato l'esportazione perchè era comunque riferita ad un progetto vecchio, quindi ho aperto il progetto recente e ho impostato il template giusto, ora alla riapertura website si posiziona sul template esatto.