Для справки другим пользователям.

При установке динамического контента на главной странице применение файла .htaccess, блокирующего появление в браузере страницы index.php, блокирует работу самого динамического контента. Конкретно мне они посоветовали для предотвращения индексации двух главных страниц блокировать через .htaccess страничку без индекса.