Hola Julio, te aseguras de darle Guardar al proyecto antes de exportar?
(me imagino que si ya que veo que usas el programa desde varias versiones anteriores)

Al guardar actualiza la fecha/hora de los archivos locales, y luego al comparar con la hora del servidor, eso hace que se actualicen solo los necesarios.

Por otro lado, depende de lo que cambies, pueden ser actualizados mas archivos de los que imaginas. Por ejemplo un cambio en el footer o el header cambia muchos archivos de todas las paginas creadas en el mapa.

Lo ideal para probar eso es cambiar solo un pequeño texto en una pagina sola, y si es posible que el texto no tenga efectos, etc.

Slds.!

Buenos días, contestando a Carlos Amaral:

Si que guardamos el proyecto antes de exportarlo.

Y no modificamos gran cosa (por ejemplo: retocar una imagen o texto de una pagina, es decir pequeños cambios), no tocamos cabecera, ni el pie de pagina, ni ningun tipo de contenido que sea general en la pagina.

¿Alguna otra posible solución?

Un saludo.

Solo se me ocurre que pueda ser algun problema con las zonas horarias quiza...

Que proveedor de internet usas?

Has probado de ver que hora queda guardada en los archivos que estan en el server como fecha de modificacion? O sea, que si subes la pagina a las 16:00:00, chequear que los archivos queden con esa hora y no haya diferencias quiza por zonas horarias? (revisar con algun programa de FTP)