Пробовали просмотреть сайт с другого браузера ? Проверьте правильность пути ftp соединения (возможно выгрузка происходит в другую папку), следует убедится что файлы на хостинге обнолены и находятся на своих местах (дата обновленных файлов должна соответсвовать дате последнего обновления сайта).