Se Maria parli del sito online cioè  nel tuo host devi eliminarle con un programma esterno come filezilla 

e comunque, non è detto che con la prossima esportazione, non le riesporti di nuovo tutte... 

Bisogna comunque farlo manualmente e la cosa è molto antipatica, l'ideale sarebbe che lo facesse il programma in automatico cancellando tutti i file che non sono più presenti nella cartella index

Maria io però preferisco eliminare manualmente i file, a volte inserisci file esterni al progetto che vengono collegati al sito rischieresti di eliminarli inutilmente.

Se tu non hai di questi file, ripulisci tutto il sito sul tuo HOST e poi ripubblicalo comlpetamente, è senza dubbio il modo più corretto. 

Oltre a quanto detto Giancarlo che sicuramente permette un lavoro pulito, aggiungo che quando sei nella fase di pubblicazione, prima di avviare il trasferimento, il programma si conporta come un normale FTP e quindi puoi selezionare i file da cancellare  e premere il tasto "canc".

... ... se lo facesse, sarebbe un fatto grave...!...

... devi farlo sotto la tu responsabilità...

... per essere sicuri della sostituzione quando non si sa come regolarsi, una operazione semplice e rapida sarebbe quella di selezionare tutti i files *.html e *.php presenti nella ROOT ed eliminarli con un click, e poi effettuare una esportazione completa...

... la regola FTP è quella di eliminare per prima i files contenuti nella cartelle per poter eliminare le cartelle che li contenevano...

... comunque, con client FTP di terze parti, tipo Filezilla, WS-FTP, ecc., potresti eliminare con un click intere directory, facendo molta attenzione...!...

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