Devi cancellare manualmente ogni file presente sul server perché website sovrascrive solamente i file che hanno lo stesso nome.

Se online ti si presenta comunque un misto di vecchio e nuovo probabilmente é la cache del browser che deve essere cancellata anche lei

ciao

Per aggiornare la cache del browser quando sei online sulla home, premi il tasto F5 (oppure Ctrl+F5, meglio!) della tastiera del PC (su smartphone invece trascina dall'alto verso il basso la pagina premendo con il dito sullo schermo e facendolo scorrere verso il basso) così da aggiornare la cache e, come detto da Giorgio, dovresti risolvere. Il problema rimarrebbe però per quei navigatori che hanno visualizzato già il tuo sito online e lo vedono "confuso" come te, non tutti sanno come aggiornare la cache del browser o dello smartphone. 

Vi chiedo scusa ma non credo di aver capito, 

Sono entrata nel sito vecchio ho eliminato tutto, ho quindi esportato tutto il sito e pubblicato, poi ho ripubblicato quello nuovo e andato su internet si vedeva il sito nuovo con gli sfondi del modello  su cui io avevo poi fatto il mio, così sono andata di nuovo sul sito vecchio ed ho scelto un modello vuoto, ho ripubllibato quello e poi quello nuovo, ma cmq mi rimane qualche impostanzione di quello vecchio e quindi quello nuovo non si vede in modo corretto....

Grazie mille 

Posta il link del tuo sito.

... tutto già detto... ... quando fai modifiche al Progetto sul PC, per attuarle aziona Ctr+Anteprima, ...verifica in locale, e poi effettua l'esportazione completa in RETE...

... in rete per by-passare la cache ed attuare l'aggiornamento delle pagine, per ogni pagina che visiti devi azionare sulla pagina Ctrl+F5  (oppure Ctrl+Shift+F5)

...

...!... nel caso, devi postare il LINK della pagina in questione, ed allegare lo STAMP  che evidenzi le differenze da te riscontrate...!...

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