Hola Mario M.

Hice muchas pruebas desde un proyecto nuevo, efectivamente una configuración me dejó pegadas las imágenes y se subian de nuevo. Como es un problema entre varios voy a revisar el tema y grabar capturas para que Incomedia pueda corregir esto, mientras la solución que te puedo ofrecer es la siguiente:

Ingresa a la carpeta del proyecto: Documentos, Incomedia, WebSite - Evo, Tu proyecto

donde esa ruta es la que aproximadamente espero que tengas por defecto, igual la puedes revisar en Preferencias, a penas abres tu WebSite X5, por ejemplo la mia es:

Una vez en la carpeta de tus proyectos debes ver estos archivos:

Yo eliminé el contenido de la carpeta Upload y Preview, con eso corregí ese problema cuando me dió, en realidad hice 6 pruebas distintas y en 1 me subía los archivos que había eliminado, en las otras no.

Incluso probé Control + Shift + Vista previa que debe realizar ese proceso de refresco.

Así que si quieres corregir ese problema te recomiendo respaldar todo primero, toda la carpeta de proyecto, exportar el proyecto en el paso 5 y ahí si eliminar el contenido, no las carpetas que mencioné.

Con eso me regresó WebSite X5 a la normalidad.

Aprovecho para: 

1. Desearte un Feliz Año, pasa por mi post si quieres saludar
2. Para que tengas éxito con WebSite X5 debes de ser precavido, usa una nube de respaldo, yo uso MEGA

PD.No olvides eliminar manualmente del servidor esos archivos

Revisa, prueba y comenta cualquier duda.
Saludos
Jorge M.

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• Para añadir las capturas no uses examinar, mejor es directo copiar y pegar:

Hola Mario M.

Agrego esta respuesta porque me tope con esta otra: Duplicidad archivos Y peso de la web

En esa respuesta me di cuenta que los archivos que se duplican se alojan en la carpeta Library, lo reconocí porque era un archivo con mas de 100 MB y es fácil de verlo, así que lo borré y seguí con el proyecto, no tengo capturas de esa parte porque ese otro post ya estaba creciendo (en tamaño), así que, revisa esa carpeta tambien con pinzas, yo te recomendaría que dupliques el proyecto antes de hacer un cambio en esa carpeta.

Nota que esa carpeta es más importante que las otras que yo eliminé y que me dieron igual resultado.

No olvides respaldar siempre y recuerda un respaldo de nube, yo no uso respaldos porque Mega los hace por mi, pero si no tienes un respaldo externo a tu PC ten siempre respaldos creados en otra unidad externa o nube de almacenamiento.

Saludos

Jorge M.

voy  hacer la prueba para ver si esto me funciona porque tambien tengo este problema